Nasceu em 8 de julho de 1955, na cidade do Rio de Janeiro. Estudou no Colégio Pedro II e formou-se pela Faculdade de Medicina da Fundação Souza Marques em 1980, com sacrifício de seus pais Aída Esner e Isaac Salvador Musafir, tendo neste período trabalhado com buffet, rádio e empreendendo eventos para ajudar a custear seus estudos na Faculdade. Pai de Rebeca Musafir.

Residente de 1981 e 1982 no Serviço de Ortopedia e Traumatologia do Hospital Municipal Miguel Couto, sob a liderança do competente professor Nova Monteiro, mestre, conselheiro e amigo, por quem sempre nutriu grande admiração e respeito.

Aprovado em concurso público, Marcos Esner foi admitido, em 1983, no Hospital Miguel Couto no Serviço do Professor Nova Monteiro e, em 1985, no Hospital Universitário Clementino Fraga Filho da UFRJ.

Pós-graduou-se em Medicina Esportiva na UFRJ, em 1984, quando trabalhou no Clube de Futebol Vasco da Gama.

Junto ao professor José Sérgio Franco, deram início aos Encontros Científicos dos ex-Residentes dos Serviços do Professor Nova Monteiro, em 1982, conhecidos como ORTRA, depois ORTRA Internacional – trazendo, do Rio de Janeiro, do Brasil e do exterior, os grandes nomes da especialidade da época, inovando atrações e valorizando os ortopedistas, durante 28 edições, que se encerrou no falecimento do Professor Nova Monteiro.

O foco do ORTRA era atualização científica de qualidade, na união, integração e fortalecimento do respeito e da credibilidade ao ortopedista na saúde e perante a sociedade civil. Promoveu inúmeras campanhas de prevenção no país junto à SBOT, através da segura opinião de suas lideranças.

Emergência do Hospital Miguel Couto de 1988 a 1995.

Participou e palestrou em dezenas de Congressos nacionais e internacionais, Fellowships nos EUA, Canadá, Europa e Ásia. Publicou em livros e artigos científicos também (vide Lattes).

Instrutor em mais de 100 Cursos ATLS – Advanced Trauma Life Support do Colégio Americano de Cirurgiões, entre os anos 1990 e 2006.

Tesoureiro da SBOT–RJ por 12 anos, oportunizou campanhas de prevenção de acidentes de trânsito (motocicletas, cinto de segurança, álcool e drogas). Como presidente da Regional na gestão de 1999-2000, viabilizou com colegas do Estado e Diretoria a aquisição da nova sede própria desta Regional em Botafogo.

Em quatro diretorias da SBOT Nacional – Karlos Mesquita, Luiz Carlos Sobânia, Gilberto Camanho e José Sérgio Franco –, ocupou a Tesouraria, tendo atuado na busca para realizações e aplicação de recursos com inovações, ética e segurança jurídica para seus membros.

Entre 1998 e 1999, atuou na transição pelo crescimento estrutural e valorização do exame para obtenção do Título de Especialista, para o atual local, em Campinas.

Representante da América Latina do Projeto Global The Bone and Joint Decade, da ONU/OMS, com representantes dos cinco continentes, contribuiu para o desenvolvimento e avanços científicos universais da saúde músculo- esquelética.

Coordenou o Congresso Brasileiro de Ortopedia e Traumatologia – CBOT, em 2004, no Rio Centro, quando foi eleito ao cargo de presidente da SBOT para a gestão 2007.

Cursou MBA Executivo em Saúde na COPPEAD da UFRJ, em 2005, preparando-se para a futura gestão na SBOT.

Mestrado em Lesões Traumáticas no Trânsito pela Universidade Federal do Rio de Janeiro, em 2007.

Em sua gestão como presidente, em 2007, graças à dedicação das ativas diretoria, omissões, comitês e funcionários, a SBOT fortaleceu o foco na valorização do especialista, realizou cursos itinerantes e alavancou o Projeto 100 Cursos Simultâneos no País, em parceria com o Ministério da Saúde.

Nesta gestão, efetivou a criação da Comissão de Políticas Públicas; viabilizou o Livro Diretrizes da AMB e SBOT, exemplar exclusivo de Ortopedia e Traumatologia com frequentes patologias da especialidade.

No TEOT, estimulou a revisão pedagógica de avaliação das questões e incentivou as provas práticas.

Participou da criação do livro 1.000 Perguntas e Respostas comentadas, o qual alcançou indexação da Revista Brasileira de Ortopedia na SciELO, com ênfase no Planejamento Estratégico, Governança e ações de modernização, profissionalismo interno e fortalecimento das decisões em colegiado.

Atuou entre 2008 e 2009 como Medical Officer no Violence and Injury Prevention (VIP) na sede da Organização Mundial da Saúde – OMS, em Genebra, participando ativamente da construção dos Projetos de Implantação do Trauma na OMS, criação da Global Aliance for the Care of the Injured, do Projeto Segurança do Paciente e Cirurgia Segura, e a efetivação da Década do Trânsito Seguro da ONU/OMS.

Marcos Esner desenvolveu diversas consultorias e assessorias técnico-científicas com ferramentas de governança em estratégias de intervenções para Hospitais e Centros de Trauma, Fluxos e protocolos para Assistência Emergencial na especialidade. Ativo em clínica privada na Casa de Saúde São José, recebeu 22 prêmios e honrarias (vide Lattes).

Contribuiu no embasamento técnico-científico da Lei 11.705/2008 voltada a inibir o consumo de álcool e drogas por condutores de veículos automotores no país. Orientador da estruturação da ação de redução de acidentes de trânsito por condutores alcoolizados, a chamada Operação Lei Seca, com apoio da SBOT–RJ, o que reduziu sensivelmente o número de vítimas do trânsito.

Em 2013, foi convidado pelo Ministro da Saúde para o cargo de diretor-geral do INTO – Instituto Nacional de Traumatologia e Ortopedia. Deste Ministério, reconhecendo a responsabilidade, a competência e a dedicação de centenas de colegas e outros profissionais de saúde, desencadeou a “Operação Mil Cirurgias por Mês”, que as
superaram, reduzindo as listas de espera e ampliando ações em benefício de milhares de pacientes e produção científica inclusive pós-graduação.

A convite do governador Luiz Fernando de Souza, foi Secretário de Estado da Saúde do Rio de Janeiro, em 2014, assumindo a responsabilidade sanitária do cargo administrativo e buscando manter os avanços conquistados pela Pasta, operacionalizando o Sistema Único de Saúde – SUS no Estado. Neste ano, foi vice-presidente do CONASS – Conselho Nacional de Secretários Estaduais de Saúde. Ocupou cargo de Secretário de Estado do Tocantins, entre fevereiro de 2016 e abril de 2018, contribuindo para a sensível melhora de indicadores da saúde.

Na nova Diretoria do Hospital Universitário Clementino Fraga Filho da UFRJ, em 2019, atuou na Coordenação do Gabinete de Crise frente à Covid-19, quando doações sociais viabilizaram reformas estruturais e físicas do Hospital, ampliando suas capacidades assistencial, pesquisa e extensão. Ao final da Pandemia em 2021, retornou para o Serviço de Traumatologia e Ortopedia do HUCFF da UFRJ, onde continua a exercer suas atividades médicas.